بداية قصة الجمعية كانت برغبة عدد من أعضاء الجمعية العمومية بتأسيس جمعية مستقلة تُعنى بهذه الفئة الغالية في ظل عدم وجود جمعية معنية في هذا المجال بالمدينة المنورة تقوم برعايتهم وتقديم البرامج والأنشطة التأهيلية لهم، فكانت فكرة إنشاء جمعية خيرية متخصصة تعتني بذوي متلازمة داون بالمدينة المنورة، فتم إنشاء الجمعية في عام 2018م باسم جمعية المدينة المنورة لمتلازمة داون كأول جمعية متخصصة في هذا المجال بالمدينة المنورة ، وتم الترخيص لها بالعمل من المركز الوطني لتنمية القطاع غير الربحي بموجب الترخيص رقم (1056).

         بعدها تم إنشاء مركز التأهيل التابع للجمعية بتاريخ 18/07/1439هـ لتقديم عدد من الأنشطة والبرامج لهذه الفئة الغالية في مجالات التربية الخاصة والعلاج الطبيعي والتدخل المبكر والعلاج الوظيفي، والنطق والتخاطب، والتكامل الحسي، والخدمات النفسية والاجتماعية والتعليمية، ويستفيد من المركز حالياً أكثر من (70) طفلاً، وقد نال المركز ولله الحمد والمنة مستوى (+أ) من قبل وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية وذلك في عام 2023م.